巅峰挑战赛的核心方法是策略性对战，玩家需通过筹码值体系合理分配资源来选择忍者和增益效果，从而组建阵型参和匹配战斗。筹码值总量有限，不同质量的忍者和增益消耗的筹码值各异，玩家必须平衡选择以优化战力；忍者属性固定但存在个体差异，玩家需熟悉各忍者特性如宇智波带土或猿飞日斩的技能特征，避免超支筹码导致阵型失衡。实际先攻属性基于玩家自身数值，匹配时若段位差距较大，低段位玩家会获取小幅属性提高，确保一定公正性，但忍具和饰品效果不生效，需纯靠策略取胜。

对战制度强调回合制竞技和阵营选择，玩家需在战斗前固定选择先攻或后攻阵营，体系自动匹配对立阵营对手。先攻方在奇数回合优先出手，后攻方需应对伤害并处理不良情形；战斗胜利后获取星级，满星后晋级更高段位如六道之力，而匹配机制也许导致段位差异带来的属性调整。玩家应注重忍者组合的连贯性，例如利用连续追击或剧毒之触等增益增强输出，同时避免依赖通灵兽，由于该方法禁用通灵效果。熟悉忍者技能如百机蝎的操控性，能提高连招效率，但需注意分数均分守则，即避免集中筹码于单一高战力忍者，导致其他阵型薄弱。

奖励体系分为日常胜利奖励和段位成就奖励，玩家每天获胜不同场次可获取勾玉晶石、精炼符或速之晶石等资源；达到特定段位后解开银质勋章、金质勋章、通灵丸或铜币，而顶尖段位六道之力额外赠送限时称号登峰造极。这些奖励激励玩家持续参和并优化策略，但需结合自身忍者库和筹码值灵活调整，不可盲目追求高段位。低筹码值时优先选择功能性强的SS级忍者如宇智波止水，组合低成本增益；高筹码值则尝试主推阵型如止水和猿飞日斩的组合，以平衡攻防。

顶级策略涉及忍者熟悉度和田忌赛马守则，玩家需深入了解每个忍者的属性标签和技能联动，例如利用伊鲁卡或重吾的小队加成效果提高整体战力。分数分配上，提议24分均分忍者避免高分集中，确保多阵型均衡；匹配时预估对手组合，采用好对中、中对差、差对好策略，即用绝顶阵型应对中等对手，以弱制强。属性利用是决定因素，如先攻属性主导时优先压制，后攻则侧重防御和情形清除，这些诀窍能显著进步胜率。